Hiện nay, nhu cầu về phân bón ngày càng tăng cao, việc sử dụng một lượng lớn phân hóa học trong nông nghiệp là rất lãng phí. Đặc biệt, hiệu suất cây hấp thu phân đạm thấp và phần còn lại sẽ thoát ra môi trường gây ô nhiễm môi trường. Việc sử dụng vi khuẩn cố định đạm trong nông nghiệp là một trong những giải pháp thay thế được quan tâm hiện nay. Nghiên cứu được thực hiện nhằm phân lập đánh giá, so sánh khả năng cố định đạm của các dòng vi khuẩn vùng rễ và vi khuẩn nốt sần. Từ 6 mẫu đất vùng rễ và 2 mẫu nốt sần cây họ đậu ở tỉnh Trà Vinh, đã phân lập được 10 dòng vi khuẩn vùng rễ trên môi trường Burk không đạm và phân lập được 7 dòng vi khuẩn nốt sần trên môi trường YEMA. Khảo sát 10 dòng vi khuẩn vùng rễ bằng phương pháp Indolphenol blue cho kết quả hàm lượng đạm NH₄⁺ trung bình từ 0,296 - 0,812 mg/l, trong đó cao nhất là dòng N1 (0,562 mg/l), N7 (0,547 mg/l), N10 (0,812 mg/l) và được chọn để thực hiện thí nghiệm trong nhà lưới trên cây rau muống. Kết quả thí nghiệm trong nhà lưới cho thấy, khi bổ sung dòng vi khuẩn N1, chiều cao cây, khối lượng rễ, khối lượng tươi và khô của thân lá có khác biệt ý nghĩa so với khi bổ sung dòng vi khuẩn N7 và dòng N10. Khảo sát 7 dòng vi khuẩn nốt sần trên cây đậu xanh trong điều kiện nhà lưới cho thấy khác biệt ý nghĩa so với các nghiệm thức đối chứng. Trong đó, nghiệm thức có chủng dòng vi khuẩn R1.5 cho kết quả số nốt sần gấp 1,98 lần so với nghiệm thức không bổ sung vi khuẩn và gấp 2,04 lần so với nghiệm thức bón phân hóa học.