Xoài (Mangifera indica L.) là cây ăn quả có giá trị kinh tế cao tại Việt Nam. Mục tiêu của nghiên cứu này nhằm đánh giá mức độ đa dạng di truyền của 14 mẫu giống xoài có nguồn gốc từ các tỉnh thành trong cả nước bằng chỉ thị đa hình đơn nucleotide (SNP). Kỹ thuật GBS (Genotyping by sequencing) được ứng dụng để phát hiện và sàng lọc 1.860 chỉ thị SNP chất lượng cao và sử dụng trong phân tích cấu trúc quần thể (bằng phần mềm STRUCTURE), phân nhóm di truyền (bằng công cụ PowerMarker) cũng như các chỉ số di truyền của các mẫu giống xoài. Kết quả cho thấy, bộ mẫu giống nghiên cứu có mức độ đa dạng di truyền tương đối cao, dựa trên chỉ số đa dạng gen GD (0,259) và hệ số thông tin đa hình PIC (0,227) của các chỉ thị SNP. Bên cạnh phân nhóm của mẫu giống đối chứng nhóm ngoại Thanh Trà khác loài, 2 phân nhóm mẫu giống xoài đã được xác định - một phân nhóm bao gồm các mẫu giống xoài phía Nam có nền di truyền đồng nhất và một phân nhóm của các mẫu giống xoài còn lại có nền di truyền pha trộn. Kết quả phản ánh lịch sử lai giống, chọn tạo khép kín giữa các mẫu giống xoài phía Nam đã góp phần xây dựng cơ sở di truyền cho các nghiên cứu lưu giữ và khai thác nguồn gen xoài tại Việt Nam.