Nghiên cứu đã sử dụng chỉ thị SSR liên kết với gen kháng đạo ôn, rầy nâu, bạc lá để bước đầu sàng lọc khả năng mang gen kháng của 90 nguồn gen lúa địa phương. Kết quả khảo sát cho thấy, 2 chỉ thị RM1337 và RM7012 liên kết chặt với gen kháng đạo ôn Pi20(t) và Pita có khả năng phân biệt đa hình giữa các giống lúa sử dụng trong nghiên cứu; hai chỉ thị RM119 và RM6997 liên kết với gen kháng rầy nâu Bph6 cho băng ADN đa hình, có khả năng phân biệt giữa các mẫu giống và giữa mẫu giống nghiên cứu với giống đối chứng. Chỉ thị RM20590 liên kết chặt với gen kháng bạc lá Xa7 cho kết quả đa hình rõ rệt giữa các mẫu giống nghiên cứu với giống đối chứng. Trong tổng số 90 mẫu giống, nghiên cứu đã xác định được 27 mẫu giống có khả năng mang gen kháng, trong đó: 11 mẫu giống có khả năng mang gen kháng đạo ôn; 9 mẫu giống có khả năng mang gen kháng rầy nâu; 3 mẫu giống có khả năng mang gen kháng bạc lá và đặc biệt có 3 mẫu giống mang 2 gen kháng như B’le la (SĐK 2629) có khả năng mang gen kháng đạo ôn Pita và bạc lá Xa7; Bao thai hồng (SĐK 7313), IR 504 mười lù (SĐK 12106) có khả năng mang gen kháng đạo ôn Pita, Pi20(t) và rầy nâu Bph6; riêng mẫu giống Ble mùa chua (SĐK 12383) có khả năng mang cả 3 gen kháng đạo ôn Pi20(t), rầy nâu Bph6 và bạc lá Xa7. Các thí nghiệm đánh giá kiểu hình tính kháng và phân tích kiểu gen sẽ tiếp tục được tiến hành để xác định chính xác sự có mặt của các gen kháng trong các mẫu giống lúa địa phương nghiên cứu.