Nghiên cứu tóm tắt một phần kết quả đề tài “Nghiên cứu ảnh hưởng của nguồn thải, xâm nhập mặn đến chất lượng nước và đề xuất giải pháp quản lý vận hành hệ thống công trình thủy lợi vùng hạ du sông Sài Gòn - Vàm Cỏ Đông” nhằm đưa ra định hướng phối hợp vận hành các hệ thống thủy lợi riêng rẽ nằm chung trong cùng một vùng có hệ thống sông, kênh liên kết và tương tác lẫn nhau. Mục tiêu của quy trình phối hợp vận hành đa mục tiêu là phối hợp vận hành các hệ thống thủy lợi trong vùng nhằm giảm thiểu ô nhiễm nguồn nước và kiểm soát xâm nhập mặn, phát huy tối đa nhiệm vụ của từng hệ thống. Kết quả nghiên cứu cho thấy, 5 hệ thống thủy lợi vùng hạ du sông Sài Gòn – Vàm Cỏ Đông cần phối hợp vận hành theo hướng chung là: tăng cường lấy nước vào nội đồng khi độ mặn ngoài sông nhỏ hơn 2,0 g/l và mực nước nội đồng không quá +0,4 m; các cống phía Bắc chủ yếu mở lấy nước, các cống phía Tây và Nam chủ yếu tiêu nước. Các cống chống ngập úng cho thành phố Hồ Chí Minh (TPHCM) vận hành theo hướng lấy nước từ phía sông Sài Gòn, sau đó nhồi nước về phía sông Vàm Cỏ Đông và sông Cần Giuộc.