Trong hệ sinh thái ven biển, thực vật phù du đóng vai trò quan trọng để đánh giá năng suất sinh học, đa dạng sinh học và tình trạng môi trường bởi chúng là những sinh vật nhạy cảm tồn tại trong một hệ sinh thái dễ biến đổi. Những thay đổi theo mùa và năm của quần xã thực vật phù du ở vùng biển ven bờ Việt Nam từ năm 2015 đến 2020 đã được phân tích, đánh giá. Kết quả nghiên cứu đã xác định được tổng số 613 loài thuộc 137 chi, 87 họ, 52 bộ, 11 lớp, 7 ngành tảo. Số lượng loài trong mùa gió Đông Bắc (494) chênh lệch không nhiều so với mùa gió Tây Nam (489). Số loài cao nhất được tìm thấy vào năm 2020 với 404 loài, tiếp đến là năm 2015 (382), 2017 (372), 2016 (368), 2018 (313). Mật độ trung bình thực vật phù du mùa gió Đông Bắc là 149x10³ tb/l, cao gấp 3 lần so với mùa gió Tây Nam là 49x10³ tb/l. Quần xã thực vật phù du đa dạng và ổn định nhất được tìm thấy ở vùng biển ven bờ Trung bộ, trái ngược với sự biến động mạnh ở vùng biển ven bờ Tây Nam bộ và Vịnh Bắc bộ. Trong mùa gió Đông Bắc đã ghi nhận sự bùng phát trên diện rộng của nhóm tảo gây hại Pseudo-nitzschia spp. từ Thanh Hóa đến Nghệ An năm 2015, Skeletonema spp. từ Hải Phòng đến Thanh Hóa năm 2018. Trong mùa gió Tây Nam, sự bùng phát của vi tảo chỉ xảy ra cục bộ ở một số điểm khảo sát như Chaetoceros constrictus ở ven biển Nghệ An, Chaetoceros curvisetus ở Móng Cái - Quảng Ninh năm 2017, Noctiluca scintillans ở ven biển Kiên Giang năm 2020.