Đa dạng di truyền trong các tập đoàn gen cây trồng là rất quan trọng với khoa học bảo tồn nguồn gen. Trong nghiên cứu này, 253 mẫu nguồn gen khoai môn sọ miền Bắc đang được bảo tồn chuyển chỗ tại Trung tâm Tài nguyên thực vật đã được đánh giá sự đa dạng ở mức phân tử bằng 10 chỉ thị RAPD. Tính đa dạng di truyền cao trong tập đoàn gen đã được phát hiện với 100% locus RAPD đa hình, trung bình có 5,8 alen/locus. Giá trị PIC trung bình đạt 6,8, hệ số đa dạng gen Nei và hệ số đa dạng Shannon trung bình lần lượt là 0,2963 và 0,4469. Hệ số tương đồng di truyền trong tập đoàn nằm trong khoảng 0,38 đến 0,95. Tất cả 253 nguồn gen được phân thành 5 nhóm ở mức tương đồng 0,64. Một số nguồn gen có mức độ tương đồng rất cao (0,95) phản ánh mối quan hệ di truyền rất gần gũi. Trong khi một số khác có sự khác biệt di truyền lớn (hệ số tương đồng rất thấp (0,38) so với các nguồn gen còn lại. Kết quả phân nhóm nguồn gen trong nghiên cứu sẽ là những thông tin có ý nghĩa cho chương trình chọn tạo giống. Phát hiện hai nguồn gen mang alen đặc trưng có thể nhận dạng bằng chỉ thị OPN-11 và OPO-19 cho thấy tiếp cận RAPD có tiềm năng đáng kể trong việc nhận dạng, phân tích quan hệ và phân biệt các giống khoai môn-sọ khác nhau.