Việc đánh giá tác động của nguồn nước từ bên ngoài đến chất lượng nguồn nước mặt trên các thủy vực ở Vườn Quốc gia Tràm Chim góp phần bảo vệ môi trường nước và bảo tồn đa dạng sinh học tại khu vực nghiên cứu. Nghiên cứu đã thu mẫu đánh giá chất lượng nước mặt tại quần xã và hệ thống kênh trong vườn (cỏ năng, rừng tràm, cỏ ống, lúa ma, sen súng, kênh lõi, kênh bao) và khu vực bên ngoài vườn (ao cá, ruộng lúa, kênh nguồn) vào mùa khô và mùa mưa, so sánh các thông số ô nhiễm nước với QCVN 08-MT: 2015/BTNMT (cột A1). Bên cạnh đó, tính toán chỉ số chất lượng nước VN_WQI giữa hai mùa trong năm và giữa các nhóm vị trí lấy mẫu. Chất lượng nước trong mạng lưới kênh bên trong vườn ở mức trung bình vào mùa mưa đến tốt và mùa khô có thể sử dụng cho tưới tiêu hoặc giao thông thủy; riêng tại các vị trí lấy mẫu nước bên ngoài vườn có hoạt động sản xuất thì chỉ số WQI ở mức ô nhiễm rất nặng và trung bình. Kết quả cho thấy cần quan tâm quản lý nguồn nước bên ngoài trước khi bơm vào vườn trong mùa khô hoặc khi mở cống trao đổi nước vào mùa mưa với nguồn nước bên trong vườn, hạn chế nguy cơ gây ô nhiễm và suy giảm đa dạng hệ sinh thái vườn.