Để xác định được nguyên nhân gây suy thoái vùng cam Sành Hà Giang, đã tiến hành thu thập các mẫu đất trồng, rễ và lá cam tại 3 huyện trồng cam Sành của tỉnh Hà Giang (Vị Xuyên, Quang Bình và Bắc Quang). Kết quả phân tích cho thấy, tất cả các mẫu đất đều phù hợp cho việc trồng cây cam, có hàm lượng mùn rất cao (2,99 - 5,89%), cao hơn nhiều so với yêu cầu (2,0 - 2,5%), nhưng có độ pH thấp (3,86 - 5,04), thấp hơn nhiều so với yêu cầu (5,5 - 6,5); hàm lượng đạm tổng số từ 0,132 - 0,286% (theo yêu cầu là từ 0,1 - 0,15%); hàm lượng đạm dễ tiêu từ 5,44 - 14,08 mg/100 g (theo yêu cầu 4 - 8 mg/100 g). Tương tự, hàm lượng P, K tổng số và P, K dễ tiêu đều khá cao, nhưng hàm lượng Ca, Mg lại khá thấp so với yêu cầu của cây cam. Hàm lượng đạm được tích lũy trong lá đều thấp (1,88 - 2,49%); hàm lượng lân hấp thu vào lá nằm ở ngưỡng cao và rất cao (0,260 - 0,445%); riêng hàm lượng kali trong lá có sự biến động mạnh từ ngưỡng thấp, đến ngưỡng cao và thừa (0,74 - 2,67%). Vùng cam Hà Giang xuất hiện 3 loại bệnh nguy hiểm, gây nên tình trạng suy thoái vùng cam Hà Giang là bệnh vàng lá thối rễ, bệnh Greening (42,85 - 57,14%), bệnh Tristezra (7,14 - 14,28%); tác nhân chính gây bệnh vàng lá thối rễ trên cây cam Sành Hà Giang là nấm Fusarium (có tỷ lệ nhiễm rất cao, chiếm 100% số mẫu thu thập) và nấm Pythium/Phytopythium có tỷ lệ nhiễm cũng rất cao, từ 25 - 75%.